Биоинформатика NGS

Курс идет по четвергам в 19.00 в ИППИ.

11.02 Теория секвенирования (М. Логачева)
Физические принципы и технологические решения. Размер выходных данных, длина чтений, парные и цепь-­специфичные чтения, частота и типы ошибок, время работы. ­Цена и особенности различных платформ секвенирования
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4

18.02 Очистка чтений (М. Щелкунов)
Контроль качества. Тримминг, коррекция ошибок секвенирования, нормализация
Презентация
Список терминов
Дополнения к лекции
Домашнее задание
Файлы к домашнему заданию
Оценки за домашнее задание
Правильное решение с разбором основных ошибок


Unix-основы. Сборка геномов - теория (Д. Виноградов)
сервер, подключение, bash scripting, grep, wc, awk, head, tail, sortГрафы, эйлеров цикл, графы де Брёйна
Презентация теория сборки генома
Презентация Unix

Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4

25.02 Сборка генома и транскриптома (А. Касьянов)
Рид, длина вставки, контиг, скаффолд, покрытие, k-mer, N50. Выбор платформы и библиотек. Быстрый старт: velvet, spades. Чем хорошая сборка отличается от плохой
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4
Домашнее задание ч.1
Домашнее задание ч.2
Дэдлайн - 23:59 25.03.2016

3.03 Пересеквенирование. Variant-calling (К. Лежнина)
Картирование чтений.­
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Домашнее задание
Дэдлайн - 23:59 01.04.2016

10.03 Экзомы в медицине (Л. Набиева)
Экзом и таргетное секвенирование. SNP и короткие инделы. SNP оценка.
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Домашнее задание
Дэдлайн - 23:59 01.04.2016

17.03 Основы раковой геномики (М. Пятницкий)
Эволюция рака, мутации­-пассажиры и драйверы, анализ функциональных подсистем. Соматические мутации
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Домашнее задание
Дэдлайн 23:59 30.04.2016

24.03 Анализ транскриптомов (П. Мазин)
Введение, картирование и подсчёт транскриптомных ридов, проверка качества, нормализация. Проверка самосогласованности: корреляционная тепловая карта, PCA/MDS. Диффэкспрессия: cuffdiff, edgeR, DEXseq.
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4
Домашнее задание
Файлы к домашнему заданию
Дэдлайн 23:59 14.04.2016

7.04 Дифференциальный сплайсинг, дополнительный анализ (П. Мазин)
Диффсплайсинг (SAJR, DEXseq, MISO). Визуализация. Функциональная аннотация (inteproscan, GOstat). Кластеризация (hclust, k-means, pam, WGCNA)
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Делайн 23:59 09.05.2016

21.04 ChIP­-Seq для факторов транскрипции (И. Кулаковский)
Экспериментальные методы изучения ДНК-­белковых взаимодействий (до и после NGS). ChIP-Seq: «wet­lab» + «dry-lab» методики для сайтов связывания факторов транскрипции (обзор). Downstream Analysis: идентификация пиков, поиск мотивов
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Дэдлайн 23:59 20.05.2016

28.04 ДНК-метилирование (Ю. Медведева)
Эпигенетика, обзор биологических механизмов. Метилирование ДНК. Полногеномные методы анализа метилирования ДНК. Бисульфитная конверсия. BS-seq и его варианты. Обработка результатов бисульфитного секвенирования - от выравнивания ридов до получения дифференциально метилированных участков. Модификации гистоновых белков. Определение районов модификации гистонов. ChIP-Seq, особенности обработки при анализе данных секвенирования. Хроматиновые домены (ChromHMM). Анализ участков открытого хроматина (DNase-seq, ATAC-seq).
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Домашнее задание
Дэдлайн 23:59 26.05.2016


05.05 3D-­структура хроматина и технологии ее определения (Е.Храмеева)
Обзор «С» технологий (3C, 4C, 5C, HiC). Стратегии анализа данных HiC (существующие смещения, нормализация и т.п.). Предсказание топологических доменов хроматина.
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Дэдлайн 26.05.2016

Критерий получения зачета:
75% от максимального балла за домашние задания

Мария Логачёва <maria-dot-log-at-gmail-dot-com>

Михаил Щелкунов <shelkmike-at-gmail-dot-com>

Дмитрий Виноградов <dimavin-at-bioinf-dot-fbb-dot-msu-dot-ru>

Артём Касьянов <artem-dot-kasianov-at-gmail-dot-com>

Ксения Лежнина <oxia-dot-com-at-gmail.com >

Михаил Пятницкий <mpyat-at-bioinformatics-dot-ru>

Елена Набиева <enabieva-at-gmail-dot-com>

Павел Мазин <iaa-dot-aka-at-gmail-dot-com>

Юлия Медведева <ju-dot-medvedeva-at-gmail-dot-com>

Иван Кулаковский <ivan-dot-kulakovskiy-at-gmail-dot-com>

Екатерина Храмеева <ekhrameeva-at-gmail-dot-com>