Биоалгоритмы

Программа

Курс идет по вторникам в 19.00 в ИППИ.

Программа:

1. Алгоритмы биоинформатики — задача → формализация → алгоритм, Золотой стандарт, тестирование. Статистические задачи. Введение в вероятность, Байесов подход. Распределение Дирихле.

2.Модели последовательностей, статистики слов. Выравнивания разные, статистика выравниваний. Наибольшее общее слово. Наибольшая общая подпоследовательность. Линейное и логарифмическое поведение веса выравнивания. Оценка качества. Селективность и специфичность.

3.BLAST, FASTA, Распределение экстремальных значений. e-value и p-value.
Скрытые Марковские модели (HMM), эмиссионные и переходные вероятности. Примеры HMM. Алгоритм Viterbi. Алгоритм Forward-Backward.

4.Оценка параметров HMM при наличии обучающей выборки. Биологические примеры. Оценка параметров при отсутствии обучающей выборки. Алгоритм Баума-Велча.

5.Парные HMM, выравнивание с помощью HMM. Вероятность сопоставления. Субоптимальные выравнивания.

6.Профили. Консенсус, Регулярное выражение, Частотный профиль. Энтропия колонки. HMM профиль. Учет возможности вставок и делеций. Определение параметров HMM - профиля. Псевдоотсчеты. Правило Лапласа, Учет фоновых частот, Учет матрицы замен.

7. Поиск сайтов связывания. Алгоритм MEME. Гиббс сэмплер.

8. Множественное выравнивание. Качество выравнивания. Энтропия, Сумма пар. алгоритм Баума-Велча. Прогрессивное выравнивание. ClustalW. Улучшение выравнивания.

9. Множественное выравнивание. Алгоритм ProbCons.

10. Секвенирование. Методы сборки геномов.

11. Экспрессия и ChIP-seq. Методы картирования.

12. Вторичная структура РНК. Элементы вторичной структуры. Алгоритм Нуссинофф.

13. Энергия вторичной структуры РНК. Алгоритм Зукера.

14. Статистические суммы и поиск субоптимальных структур.

15. Консенсусные вторичные структуры. Метод ковариций. Контекстно-свободные граматики. Разбор последовательностей.

Лекции:
09.02.2016.
Презентация 1
Презентация 2
Видео ч.1
Видео ч.2

16.02.2016.
Видео ч.1
Видео ч.2

27.02.2016.
Презентация Модели последовательностей
Презентация HMM
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4

01.03.2016.
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4

15.03.2016.
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3 (доклад)
Видео ч.4 (доклад)

22.03.2016.
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3 (доклад)
Видео ч.4 (доклад)

29.03.2016.
Видео ч.1
Видео ч.2

05.04.2016
Видео

12.04.2016
Видео

19.04.2016
Видео
26.04.2016
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3

Критерии получения зачета:
Написание удаленной контрольной и зачетной контрольной:
Удаленная контрольная работа
Дэдлайн 23:59 05.04.2016
Зачетная работа 11.05.2016 (задания разной степени сложности, за правильные ответы баллы прибавляются, за неправильные - вычитаются)
Участие в обсуждении статьи в роли докладчика или оппонента.
Статьи

Экзамен
Допускаются студенты, получившие зачет

Литература

Р. Дурбин, Ш. Эдди, А. Крог, Г. Митчисон, "Анализ биологических последовательностей"

Преподаватель

Андрей Александрович Миронов

email: mironov@bioinf.fbb.msu.ru

Большой Каретный переулок, 19, ИППИ РАН,
м. Цветной Бульвар

hello@bioinfschool.ru

Реквизиты

Некоммерческое партнерство содействия развитию биоинформатики «Биоинформатический семинар»
Адрес: 119269 г.Москва ул.Вавилова д.60/1 офис 19
ИНН \ КПП 7716450074 \ 773601001
ОГРН 1117799008030
ОКПО \ ОКАТО 91570039 \ 45293558000
Банк: ОАО «Сбербанк России» г. Москва
Расчетный счет 40703810938110001685
БИК 044525225
Кор. счет 30101810400000000225